Zamach stanu, który w 1980 roku przeprowadził Joao Bernardo Vieira, był tylko zapowiedzią późniejszych kłopotów Gwinei Bissau. Po kilkunastu latach rządów Vieira do głosu doszli jego przeciwnicy. Pretekstem do wojny domowej była dymisja szefa sztabu gwinejskiej armii.
Przed wojną
Gwinea Bissau, która od północy graniczy z Senegalem, ma bardzo ścisłe związki z regionem Casamance. Przede wszystkim są to więzy pokrewieństwa łączące część Bissauczyków z ludem Diola. A że Casamance marzyło o niepodległości i rezultatem tych aspiracji stała się rebelia przeciwko senegalskim władzom, Gwinea Bissau stała się naturalnym schronieniem dla buntowników z Senegalu.
W styczniu 1998 roku rząd Vieira postanowił zatrzymać przepływ rebeliantów na terytorium Gwinei Bissau. W ramach uszczelniania granicy z Senegalem wysłał na nią więcej wojska. Rozpoczęła się operacja, podczas której doszło do konfiskaty broni oraz zatrzymania oficerów zaopatrujących w nią rebeliantów z Casamance. W lutym gwinejski minister obrony ogłosił zawieszenie szefa sztabu, generała Ansumane Mané, za niedopełnienie swoich obowiązków, co miało związek z transferem broni z baz wojskowych armii Gwinei Bissau w ręce separatystów z Casamance. Dwa miesiące później Mané skrytykował ministra obrony. W maju, Vieira, został ponownie wybrany przewodniczącym Partido Africano da Independência da Guiné e Cabo Verde (PAIGC). Nic jeszcze nie zapowiadało jego politycznej klęski.
Wojna domowa
6 czerwca Vieira odwołał zawieszonego Mané ze stanowiska szefa sztabu. Reakcja zdymisjonowanego Mané była natychmiastowa. 7 czerwca stanął on na czele buntu przeciwko prezydentowi Vieira, zajmując koszary w Bissau i inne strategiczne sektory stolicy, w tym lotnisko międzynarodowe. Mané domagał się ustąpienia prezydenta i jego rządu przed lipcowymi wyborami, aby zagwarantować ich prawidłowy przebieg.
Jednak Mané został uznany za zagrożenie dla Senegalu. Dakar obawiał się eskalacji konfliktu w Casamance i poparł Vieira, przysyłając mu na pomoc 1300 żołnierzy. Kolejny 400-osobowy oddział dotarł do Bissau z sąsiedniej Gwinei-Conakry. Oba kontyngenty przyłączyły się do wojsk lojalnych wobec Vieira. Wspólna operacja przeciwko zrewoltowanym siłom generała Mané zakończyła się niepowodzeniem. Ciężkie walki w stolicy zmusiły do ucieczki ponad 200 tysięcy jej mieszkańców.
Walki sił rządowych z rebeliantami trwały prze dwa miesiące. 26 lipca, dzięki mediacji Comunidade dos Países de Língua Portuguesa (CPLP), organizacji skupiającej kraje portugalskojęzyczne, obie strony konfliktu zgodziły się na rozejm przypieczętowany porozumieniem na kabowerdyjskiej wyspie Sal. Zawieszenie broni przewidywało odblokowanie portu lotniczego w stolicy i przyjazd międzynarodowych sił pokojowych, które zagwarantowałaby przestrzeganie ugody z Sal.
Do negocjacji włączyła się też Wspólnota Gospodarcza Państw Afryki Zachodniej (ECOWAS). We wrześniu odbyły się kolejne rozmowy gwinejskiego rządu i rebeliantów. Na spotkaniu w Abidżanie, na Wybrzeżu Kości Słoniowej (WKS), zwolennicy generała Mané, zażądali wycofania żołnierzy przysłanych w czerwcu przez Senegal i Gwineę. Dopiero po spełnieniu tego warunku zamierzali rozmawiać o układzie pokojowym. Rebelianckiej propozycji sprzeciwił się rząd Vieira. W odpowiedzi rebelianci odrzucili rządowy postulat utworzenia strefy buforowej wzdłuż granicy z Senegalem.
Dopiero w październiku nastąpił, krótkotrwały zresztą, przełom. Obie strony zgodziły się na powstanie stref zdemilitaryzowanych w stolicy, Bissau, które oddzielałyby siły rządowe i rebeliantów. Jednak zanim doszło do wprowadzenia tych ustaleń w życie, w Bissau znów wybuchły walki, przenosząc się także do innych miast. W tym samym czasie większość żołnierzy, którzy walczyli w szeregach wojsk rządowych przeszła na stronę rebeliantów. Kontrolowali oni już 99 procent obszaru Gwinei Bissau.
Generała Mane poparli też weterani wojny o niepodległość Gwinei Bissau. Zwrócili się przeciwko prezydentowi Vieira, obarczając go winą za trudną sytuację ekonomiczną.
23 października rebelianci zgodzili się na 48-godzinny rozejm, dając dla Vieira czas na złożenie propozycji, które miały być wyjściem dla negocjacji pokojowych. Sześć dni później, w bezpośrednich rozmowach w gambijskim Banjulu, buntownicy potwierdzili, że rezygnują z żądania dymisji Vieira. Kolejne spotkanie odbyło się w Abudży, w Nigerii. Pod auspicjami ECOWAS obie strony podpisały układ pokojowy (1 listopada). Potwierdzał on warunki zawieszenia broni z 25 sierpnia (układ z wyspy Sal) oraz ustalił, że wycofanie wojsk gwinejskich (z Gwinei-Conakry) i senegalskich, nastąpi w tym samym momencie, kiedy na ich miejsce wkroczą siły pokojowe ECOWAS, ECOWAS Ceasfire Monitoring Group (ECOMOG). Celem ECOMOG miało być zagwarantowanie bezpieczeństwa na granicy z Senegalem. Porozumiano się też w sprawie podziału władzy. Na mocy pokoju z Abudży postanowiono powołać Rząd Jedności Narodowej, do którego weszliby przedstawiciele rebeliantów i prezydenta Vieira. Pierwsze wybory prezydenckie i parlamentarne miały odbyć się nie później niż w marcu 1999 roku.
W grudniu 1998 roku powstał rząd. Jego premierem został Francisco Fadul, doradca polityczny generała Mané. W grudniu przyjechało też pierwszych 100 żołnierzy ECOMOG.
W miesiąc po powołaniu na stanowisko premiera, Fadul ogłosił, że wybory odbędą się znacznie później niż przewidywano. Mimo to, podejmowano kolejne próby uspokojenia sytuacji w Gwinei Bissau. Nowe rząd ustalił z ECOWAS, że siły ECOMOG będą liczyć 710 żołnierzy. Opracowano też plan wycofywania wojsk z Gwinei i Senegalu. Jednak wbrew układowi pokojowemu, wciąż dochodziło do starć między rebeliantami a stronnictwem prezydenta. Ponowne zawieszenie broni przewidywało natychmiastowe wycofanie Gwinejczyków i Senegalczyków z Gwinei Bissau. Powstał kolejny rząd jedności narodowej.
Tyle, że wycofanie obcych wojsk odsuwano w czasie, tłumacząc się problemami natury logistycznej. W kwietniu 1999 roku światło dzienne ujrzał raport zgromadzenia narodowego Gwinei Bissau, który oczyścił generała Mane z zarzutów przekazywania broni dla rebeliantów z Casamance, oskarżając o to gwardię prezydencką Vieira.
W maju Vieira ogłosił wreszcie termin nowych wyborów. Wyznaczył go na 28 grudnia. Vieira nie doczekał grudniowego głosowania. Już 7 maja został pozbawiony władzy przez wojskową juntę na drodze zamach stanu. Władzę przejęli rebelianci. Vieira schronił się w ambasadzie Portugalii. 10 maja podpisał bezwarunkową kapitulację. Nikt nie chciał popierać przegranego prezydenta.
I po zamachu
Vieira opuścił ojczyznę. Był ofiarą zamachu, któremu dał przykład, obalając Luisa Cabrala w 1980 roku. Vieira wyjeżdżał jako polityczny bankrut. Został nawet pozbawiony zwierzchnictwa nad swoją partią, PAIGC. Na fotelu prezydenckim zastąpił go Malam Bacai Sanhá, wieloletni członek PAIGC, krytyczny zarówno wobec rebeliantów jaki i Vieira. Wkrótce następcy Vieira uznają, że powinien on stanąć przed sądem za swój udział w szmuglowaniu broni do Casamance oraz za przestępstwa polityczne i ekonomiczne. Były prezydent poprosił o zgodę na wyjazd w celu odbycia leczenia. Obiecywał, że wróci do kraju, aby sąd rozstrzygnął jego winę. W czerwcu wyjechał i Vieira i żołnierze ECOMOG.
W lutym 2000 roku Gwinea Bissau miała już nowego prezydenta, wybranego w wyborach. Vieira wrócił do kraju dopiero w 2005 roku.
Kofi